Het verhaal speelt zich af in een van de meest favoriete werelden van kinderen: het circus! Hierin krijgen zij een blik achter de schermen geboden van deze fascinerende en fantasiereijke wereld. Putt-Putt in het Circus draait om het feit dat Mijnheer B.J. Sweeney Putt-Putt en de gamer nodig heeft om zijn vijf meest belangrijke acts op tijd klaar te krijgen voor de voorstelling.